所得税から個人住民税への税源移譲に関し、所得税の税率構造が10％〜37％の４段階から、５％〜40％の６段階に改められます。（平成19年分から適用）
　個人住民税は、一律10％に改められますが、個々の納税者の税負担は、基本的には変動ありません。

　定率減税（所得税額の10％相当額、限度額12万５千円）が、平成18年分をもって廃止されます。（平成19年分から適用がありません。）

　損害保険料控除を改組し、地震保険料控除（最高５万円）が創設されます。（平成19年分から適用）

　寄付金控除の適用下限額が、１万円から５千円に引き下げられました。（平成18年分から適用）

　試験研究費の総額に係る税額控除制度について、試験研究費のうち比較試験研究費を上回る部分の税額控除割合に ５％を加える特例が２年間の時限措置として講じられました。（平成18年４月１日から平成20年３月31日までの間に 開始する各事業年度について適用）

　中小企業投資促進税制について、対象資産に一定のソフトウェア及びデジタル複合機を加えるとともに、 電子計算機以外の器具備品を除外した上、その適用期限が２年間延長（平成20年３月31日まで）されました。

　損金不算入となる交際費等の範囲から、一人当たり５千円以下の一定の飲食費が除外されました。 （平成18年４月１日から平成20年３月31日までの間に開始する各事業年度について適用）

　同族会社の留保金課税制度について、次のとおり改正されました。(平成18年４月１日以降に開始する事業年度から適用）

• 同族要件…１株主グループによる株式等の保有割合が50％超
• 留保控除額…次のうち最も多い金額
• 所得基準額…所得等の金額×40％（資本の金額が１億円以下の法人は50％）
• 定額基準額…年２，０００万円
• 積立金基準額…期末資本金の25％相当額｜利益積立金
• 自己資本比率基準額…資本の金額が１億円以下の法人において、自己資本比率（総資産に占める自己資本割合）が30％に満たない場合における、 その満たない部分が30％に達するまでの額

　次に該当する同族会社の業務を主宰する役員に対して支給する給与の額のうち、 給与所得控除に該当する部分として計算される金額を損金算入しない制度が創設されました（一定の要件に該当する場合を除く）。 （平成18年４月１日以降に開始する事業年度から適用）

• 業務を主宰する役員及びその同族関係者等が、発行済株式の90％以上を保有し、かつ常務に従事する役員の過半数を占める場合等。